Flybase, una base de datos para el organismo modelo Drosophilaha perdido la financiación del gobierno. Crédito: Konstantin Nechaev/Alamy
Un repositorio clave para la comunidad de investigación de moscas de frutas del mundo se convirtió en una víctima inesperada de El conflicto continuo de la Universidad de Harvard con la administración del presidente de los Estados Unidos, Donald Trump. En mayo, la administración congeló más de US $ 2.2 mil millones en fondos federales que se otorgaron a la universidad, incluido el Subvención de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) Eso admitió el repositorio, llamado Flybase. La Universidad de Harvard, con sede en Cambridge, Massachusetts, presentó una demanda para poner fin a la congelación de fondos, y el caso ha estado abriendo paso a través de los tribunales.
Pero el daño a la carga de flybase fue inmediato y extenso. Sus ocho miembros del personal fueron despedidos, incluidos los curadores de bases de datos Sian Gramates y Victoria Jenkins, tanto en Harvard, como en subawards que financiaron colaboradores en otras tres universidades también desaparecieron. Gramates ha estado en Flybase durante más de 20 años, y esperaba retirarse. Jenkins dice que ahora está buscando oportunidades fuera de la ciencia. Cuando se vayan, llevarán consigo décadas de conocimiento institucional sobre uno de los organismos modelo mejor estudiados en biología, la mosca de la fruta, Drosophila melanogaster.
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La situación de Flybase es única, pero no es el único recurso que está luchando. Existen bases de datos de organismo modelo similares (mods) para ratones, ratas, pez cebra, levadura, ranas, gusano nematodos Caenorhabditis elegans y la planta Arabidopsis thaliana. Colectivamente, estos repositorios, que apoyan a cientos de miles de investigadores entre ellos, han respaldado décadas de descubrimientos científicos y sirvieron como centros para sus comunidades de investigación. Todos ellos han sido muy respaldados por el NIH, y ahora se enfrentan a perder esa financiación debido a los recortes amplios al apoyo de la investigación federal, lo que provocó despidos e interrupciones que corren el riesgo de retrasar la ciencia básica.
«Es difícil exagerar el valor de estos recursos y los equipos que supervisan su curación, lo que es realmente lo que los convierte en herramientas tan valiosas», dice Jenkins. «Sin ellos, es difícil imaginar que la investigación continúe con cualquier cosa cerca del ritmo y la calidad que hemos visto en el pasado».
El equipo mod
Desde principios de la década de 1990, a medida que los avances en la tecnología de secuenciación crearon exceso de información nueva que necesitan cura, los modificaciones han surgido como autoridades sobre los genomas de sus especies individuales. Estos sitios web típicamente contienen datos curados y anotados sobre la función y expresión génica, alelos y variantes fenotípicas, asociaciones de enfermedades humanas e interacciones proteicas, así como recursos comunitarios, como directorios y foros de investigadores. A pesar de su importancia, un Estudio publicado el mes pasado señaló que tales repositorios centralizados podrían ser vulnerables, en parte debido a las prioridades políticas o de financiación cambiantes1.
En 2016, el NIH lanzó un esfuerzo para consolidar ocho de estos repositorios en una sola organización insignia, la Alianza de recursos del genomarazonamiento de que albergar estos modificaciones unificaría su información e infraestructura y los facilitaría el uso. Cada grupo miembro recibió hasta 2029 para migrar sus datos y le dijeron que su financiación disminuiría con el tiempo. Ahora, con menos de cinco años para ir y en medio de un período de agitación científica En los Estados Unidos, el liderazgo de MOD se enfrenta a un desafío desalentador.
Muchas modificaciones han integrado solo una pequeña porción de sus datos en la alianza, en algunos casos, menos del 10%, dicen las fuentes. Parte del problema, dice Stacia Engel, gerente de proyecto en el Saccharomyces Genome Database (SGD), con sede en la Universidad de Stanford en Palo Alto, California, es que armonizar tantos datos no es trivial. Cada grupo tiene diferentes necesidades, tipos de datos y protocolos, y los investigadores no han logrado llegar a un consenso para una visión única y unificada para la alianza.
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Como la financiación se ha desviado, el problema se ha agravado: las modificaciones no pueden retener a su personal, y con menos personal, la integración de datos se vuelve más difícil. Mientras tanto, la cantidad total de subvenciones individuales que cada mod actualmente recibe no se asigna en su totalidad a la alianza, que enfrenta sus propios recortes. «Simplemente no tenemos suficiente tiempo o recursos para hacer que las cosas sucedan tan efectivamente como nos gustaría», dice Carol Bult, genetista del Laboratorio Jackson en Bar Harbor, Maine, e investigadora coprescipadora de la Alianza e Investigadora Principal de la Base de Databla de Información del Genoma del Ratón.
Mientras tanto, algunas modificaciones han publicado llamadas para donaciones, consideradas para hacer cumplir las tarifas voluntarias previamente para usar las plataformas o las operaciones cesadas. La base de datos nematodos Wormbase, lanzada en 2000, anunciado eso Octubre marcaría su última gran actualización Para que pudiera dedicarse completamente a integrarse en la alianza, mientras que el SGD señaló en un boletín en abril que corta el NIH continuaba «forzando» sus finanzas. (Los representantes tanto del SGD como en Wormbase dicen que también han perdido personal o que tuvieron que reducir los lazos con colaboradores debido a recortes presupuestarios).
«Puedes ver que todos están luchando para llegar a fin de mes», dice Engel. «De alguna manera parece que nos han entregado una tarea imposible».
